As tarifas estipuladas para os pedágios do túnel Santos-Guarujá foram definidas e serão cobradas nos dois sentidos do trajeto.
Os valores são os mesmos cobrados pelas balsas para automóveis: R$6,15 por passagem; totalizando R$12,30.
Para caminhões com dois ou três eixos, a tarifa será de R$36,90. Se tiver quatro ou mais eixos, a tarifa sobe para R$98,40. De acordo com a diretora da Companhia Paulista de Parcerias, Raquel Carneiro, o objetivo é desestimular caminhões de usarem o túnel.
A cobrança será feita no modelo free flow, ou seja, sem praças de pedágio.
