As prefeituras da Baixada Santista arrecadaram R$ 20 milhões com o ISS-QN (Imposto Sobre Serviços de Qualquer Natureza) incidente sobre as tarifas de pedágio das estradas do Programa de Concessão Rodoviárias do Estado de São Paulo em 2013. O total arrecadado no ano passado pelos 256 municípios cortados pelos 6,3 quilômetros de rodovias concedidas foi de R$ 417,4 milhões. O repasse é feito proporcionalmente à extensão das rodovias que atravessam o município, e a alíquota que incide sobre a tarifa é definida por legislação municipal.
Na região da Baixada Santista foram beneficiados cinco municípios, sendo que o que mais teve arrecadação com o ISS-QN dos pedágios foi Cubatão, que recebeu R$ 9,9 milhões, seguido de São Vicente (R$ 5,5 milhões) e Santos (R$ 3 milhões). A receita compõe parte significativa dos orçamentos de algumas prefeituras, especialmente em cidades onde há poucos serviços tributados. A aplicação da verba proveniente do ISS é decidida por cada prefeitura, podendo ser empenhada em educação, transporte, segurança, saúde, infraestrutura ou qualquer outra área definida pela demanda municipal.
Em 2013, a arrecadação das prefeituras com o ISS-QN sobre a tarifa de pedágios foi 10% maior que no ano anterior, quando os repasses somaram R$ 379,9 milhões. O imposto começou a ser cobrado em 2000 e, desde então, já foram repassados para os municípios beneficiados R$ 2,6 bilhões. Na região da Baixada Santista, o montante desde que o imposto passou a vigorar é de R$ 149,1 milhões.
