Ele assumiu a presidência da República em 8 de setembro de 1961, depois da renúncia de Jânio Quadros, e foi deposto em 1º de abril de 1964 pelos militares.

Embora tivesse sido aconselhado a resistir ao golpe pelo seu cunhado Leonel Brizola, então governador do Rio Grande do Sul, ele não quis o enfrentamento temendo um banho de sangue.

Jango exilou-se no Uruguai e morreu, segundo versão oficial, em razão de um infarto. Há suspeitas, não comprovadas, de que teria sido assassinado.